cambia el atributo del archivo ~/.recently-used.xbel.
Al asignarle el atributo i usando el comando chattr, el archivo no puede ser modificado (es decir que no puede ser borrado, editado, renombrado, ni se puede crear un enlace que apunte a él).
Para deshabilitar el menú, abre un terminal y escribe: sudo chattr +i ~/.recently-used.xbel.
Para volver a habilitarlo: sudo chattr -i ~/.recently-used.xbel.